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足球推单官网:手把手教你用PyMOL作出蛋白结构图——1.基础篇

发布时间:2021-06-11    作者:足球推单平台    点击量:

本文摘要:大伙儿在阅读者高分数参考文献时,是否不容易经常寻找像下边这种令人过目难忘的蛋白框架图。

大伙儿在阅读者高分数参考文献时,是否不容易经常寻找像下边这种令人过目难忘的蛋白框架图。像那样的:这种图全是可以用PyMOL这一手机软件保证出去的,那麼什么叫PyMOL呢?手机软件以Py+MOL取名:“Py”答复它是由一种编程语言Python所继承出去的,“MOL”答复它是作为说明分子结构(英语为molecule)构造的手机软件。它是一个开源论坛,由WarrenLyfordDeLano编写,而且由DeLanoScientificLLC将它商业化的。01页面解读大伙儿合上PyMOL后,不容易看到下图下图的页面这一页面分为两个对话框,上边的大家叫它外界GUI对话框(ExternalGUI)下边的一部分大家称之为Viewer对话框。

Viewer对话框又分为上下二块,左侧用于说明构造图像(viewer),右侧则是一个內部GUI对话框(InternalGUI)。Viewer本身包含了一个cmd(我们可以看到左下方的PyMOL>提示符),能够用于輸出PyMOL指令;在InternalGUI的右上方我们可以看到五个用各有不同色调区别出来的功能键,A、S、H、L、C各自答复Action、Show、Hide、Label、Color五个英语单词。相匹配的含意我能在此前的案例中展现给大伙儿。

02操作过程蛋白质文档的基础格式是PDB,以1kim这一胸腺嘧啶多肽链蛋白激酶的构造为例子和大伙儿介绍一下pdb文件是如何说明的。载入这一文档有三种方式:在ExternalGUI中自由选择File>Open,或是用以cmd:load得到 下边这一图像:那样的图像并没法准确地说明蛋白的二级结构,我们可以根据下列的途径让它说明得更为准确一些。网页页面S>as>cartoon,全部蛋白质就以α螺旋式和β拉锁的方式说明出去可是全是翠绿色。

这时不容易觉得依然并没明确地分离出来,我们可以根据下边途径展开色调上的区别,网页页面C>byss>HelixSheetLoop,那样就可以对各有不同的二级结构展开上色。(SS即secondarystructure)大伙儿在参考文献里看到的蛋白质构造的背景颜色一般全是白的,可是PyMOL环境变量的背景颜色是灰黑色的,大家如何把背景颜色调节为白呢?大伙儿能够尝试如下图一样作业者,在ExternalGUI的上边一部分对话框莱单内网页页面Display>Background>White,得到 下列图像。

很有可能会寻找组成的图像锯齿状相当严重,那麼如何变化这一状况呢?我们可以尝试运用PyMOL内置的美化程序流程,对图像展开图型。如下图作业者,网页页面右上方Draw/Ray,自由选择Ray,对图片展开图型,并能够对图像屏幕分辨率必需展开调节得到 美化后的图像(情况透明色,能够必需导入PS对图像展开更进一步编写)。

假如电脑上的配置过度,大家还能够自由选择闲置不用服务器资源较少,速率变慢的Draw,得到 下图。在调节完后,能够必需展开存留图像,一般存留二种方式,一种是PNG的照片方式,一种是原来的PyMOL格式,之后能够在这个基础上再作展开修改。


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